Công trình Ngọn Hải Đăng khẳng định chủ quyền Biển Đảo thiêng liêng của Tổ Quốc được đặt trước Ngôi Nhà Hạt Giống Tâm Hồn. Ngọn Hải Đăng này là mô hình được thu nhỏ theo nguyên mẫu Hải Đăng đảo Song Tử Tây, thuộc quần đảo Trường Sa, với chiều cao 7,4 m, đường kính 1,4 m, được đúc và xây dựng từ bê tông cốt sợi thuỷ tinh màu trắng pha cát hạt đen và cát đảo Trường Sa.
Trên thân ngọn hải đăng được thiết kế sợi quang chìm toả sáng lấp lánh tạo hình bản đồ Việt Nam, đỉnh tháp có đèn xoay chiếu toả sáng vào ban đêm. Ngoài ra, còn thể hiện tinh thần phán quyết của toà án PCA và tinh thần "Trường Sa - Hoàng Sa là của Việt Nam", "Đường Lưỡi Bò không bao giờ tồn tại" và bảy con chim bồ câu toả sáng xung quanh đỉnh ngọn hải đăng tượng trưng cho ước mong hoà bình của nhân dân Việt Nam.
Theo First News, ngọn Hải Đăng được dựng cạnh Ngôi nhà Hạt giống tâm hồn với hy vọng đây sẽ là sự kết hợp tuyệt vời nhằm góp phần tỏa sáng Tâm hồn Việt. Theo kế hoạch, sẽ có những ngọn hải đăng khác được xây dựng ở Lý Sơn và đảo Len Đao - thuộc quần đảo Trường Sa.
